Kielen pienin yksikkö, jolla on merkitys tai kieliopillinen tehtävä. Koska morfeemien luokittelu ja merkintätavat vaihtelevat eri tutkijoilla ja eri kielissä, ei morfeemiyksikölle ole valmiiksi määritelty tiettyä kuvaustapaa. Suomesta on eroteltu kuudenlaisia morfeemeja: sanavartalot, johtimet, tunnukset, päätteet, omistusliitteet ja liitepartikkelit (18, s. 25-26, ks. myös 17, s. 89-95). Sanojen jakaminen morfeemeihin ja morfeemien tai morfien erottaminen toisistaan eivät ole aina aivan yksinkertaisia toimenpiteitä. Kieleen on myös kiteytynyt ns. morfeemiyhdistelmiä, joiden jakaminen osiin ei auta muodon merkityksen ymmärtämistä. Isossa suomen kieliopissa näitä kutsutaankin nipputunnuksiksi (15, s. 89). Nimikoijan kannattaa miettiä, olisiko niitä varten hyödyllistä periyttää oma aliyksikkö.
Morfeemit kannattaa nimikoida vasta sen jälkeen, kun sanat on nimikoitu, koska morfeemit toteutuvat sanoina tai niitä pienempinä yksiköinä. Morfeemi voi ilmetä vain yhtenä äänteenä (kuten esim. monikon tunnus sanassa koulu+i+ssa), joten voi olla käytännöllisintä nimikoida morfeemit vasta äännekerroksen jälkeen. Mikäli sana sisältää morfeemin, jolle ei löydy selkeää vastinetta puhesignaalissa, merkitään kyseisen morfeemin tila (status, ks. s. 8) Puh-editorissa kelluvaksi (floating, s. 8), jolloin yksikön alku- ja loppuaikaa ei tulkita absoluuttisina.
Morfeemiyksiköiden rajat on syytä kohdistaa ainakin vastaavien sana- ja foneemirajojen sekä soveltuvin osin äännerajojen kanssa.
Morfeemiyksiköiden nimikkeiksi voi kirjoittaa vapaata tekstiä.
Mikäli aikoo käyttää morfeemien nimikointiin jotakin tiettyä luokittelu- ja kuvaustapaa, kannattaa morfeemiyksikölle periyttää Puh-editorilla aliyksikkö, jolle määritellään ominaisuuksina esim. minkälaisia nimikkeitä yksiköille saa antaa, kuvataanko vaikkapa samaan yksikköön liittyvä morfi (morfeemin yksittäisen esiintymän tai reaalistuman muoto) ja morfeemi (abstrakti muoto) erikseen ja minkätyyppisiä morfeemiluokkia on olemassa. Mikäli jotkin morfeemityypit muodostavat suljetun luokan, ne kannattaa luetella kyseisen ominaisuuden vaihtoehtoisina arvoina, joista annotoitaessa valitaan paras. Jos käytetään jotakin automaattista menetelmää morfologisen analyysin tuottamiseen, voidaan morfeemiyksikön nimikkeiksi määritellä kyseisen analyysialgoritmin tuntemat morfologiset kategoriat.