Paralingvistiseen annotaatiokerrokseen merkitään sellaisia puheen piirteitä, jotka eivät ole varsinaisesti lingvistisiä vaan kuvastavat puhujan fyysistä tai emotionaalista tilaa: esim. hymyily, nauru, yskiminen, haukottelu. Kaikille piirteille, jotka voivat esiintyä päällekkäin, on luotava oma annotaatiokerros.