Tässä oppaassa esiteltävät annotaatioyksiköt ovat perusyksiköitä, jotka on pyritty määrittelemään selkeästi mutta vain yleisellä tasolla, jotta eri tutkijat voisivat soveltaa niitä mahdollisimman laajasti. Näihin yksiköihin ei kuitenkaan ole pakko tyytyä. Mikäli tutkija tai annotoija päätyy systemaattisesti käyttämään tietystä perusannotaatioyksiköstä tarkempaa tai hienojakoisempaa kuvaustapaa, tai mikäli hän päätyy annotoimaan täysin uudenlaista piirrettä puheaineistosta, on tarpeen määritellä uusi annotaatioyksikkö. Uusia yksiköitä voidaan määritellä Puh-editorilla, jolla määritelmät voidaan myös julkaista muille tutkijoille.2.1